L'offerta formativa dell'Istituto Superiore di Scienze religiose di Mantova prevede due cicli, uno triennale per il conseguimento della Laurea in Scienze Religiose (o Baccalaureato), e uno specialistico biennale per il conseguimento della Laurea Magistrale in Scienze Religiose (o Licenza). Il secondo ciclo comprende due indirizzi di specializzazione: uno pedagogico-didattico per la scuola e uno pastorale-ministeriale.