Nach dem Ende der zehnten Staffel und dem damit verbundenen Abschied von Brennan und Booth aus dem Jeffersonian Institute, erfolgt ein kleiner Zeitsprung zu Beginn von Staffel 11. Sechs Monate nach ihrem Ausstieg hat Temperance ihr zweites Kind bekommen und Seeley kümmert sich nun um die Ausbildung von FBI-Rekruten. Ihr neues Leben wird jedoch durcheinander geworfen, als bei einer verbrannten Leiche die Waffe von Booth gefunden wird. Da dieser zum Zeitpunkt der Entdeckung verschwunden ist, kommt der Verdacht auf, dass es sich bei dem Toten um ihn handelt. Brennan wird daraufhin wieder als Ermittlerin tätig und macht eine tragische Entdeckung, die auf den gesamten Verlauf der Staffel Auswirkungen haben wird.