Makoto Naegi steht unter dem Verdacht des Verrats an der Stiftung Zukunft, da er die gegnerische Gruppe mit dem Namen "Überreste der Verzweiflung" heimlich beherbergt. Makotos ehemalige Klassenkameraden Kyoko Kirigiri, Aoi Asahina und Yasuhiro Hagakure wurden alle von Makotos Verrat in Mitleidenschaft gezogen. Plötzlich taucht wieder Monokuma auf, sperrt alle Mitglieder der Stiftung Zukunft ein und zwingt alle, an einem finalen Tötungsspiel teilzunehmen. Es beginnt ein Spiel, in dem niemand dem Anderen trauen kann...