Die Waise Sheeta ist die Hüterin eines uralten Geheimnisses: Ein Anhänger aus einem blauen Kristall, der den Weg zur schwebenden Stadt Laputa weisen soll. Wer Laputa findet, könnte mit seinen Waffen die Welt beherrschen. Eines Tages gelingt es dem machtbesessenen Geheimagenten Colonel Muska, Sheeta aufzuspüren und gefangen zu nehmen. Ihr gelingt die Flucht, und gemeinsam mit dem jungen Pazu macht sie sich auf, um selbst nach Laputa zu suchen. Die beiden müssen Muskas Truppen und einer Piratenbande trotzen, bis sie endlich ihr Ziel erreichen - doch in den Ruinen der schwebenden Festung werden sie vor eine schwierige Entscheidung gestellt...