Biologia Computacional é uma área da Ciência da Computação que tem por objetivo o estudo e aplicação de técnicas e ferramentas computacionais aos problemas da Biologia Molecular. Dentre os problemas pesquisados, encontra-se o de evolução molecular, onde são estudados métodos para comparar sequencias de espécies distintas, baseados em eventos mutacionais. Estes métodos geram medidas de distância, que podem ser empregadas para verificar o relacionamento em termos evolutivos entre dois organismos. Uma técnica de computar distância é comparar blocos, formados por um ou mais genes, de genomas de dois organismos. Neste trabalho propomus a implementação da recente estrutura de dados de Feng e Zhu chamada de árvore de permutação, que melhora o tempo de execução para realizar transposições em uma permutação. O algoritmo 1, 5-aproximativo de Hartman e Shamir para ordenação de uma permutação por transposições possui complexidade de tempo O(n3/2vlogn). Utilizando a árvore de permutação, implementamos o algoritmo com complexidade de tempo O(n log n).