L'apocrifo di Giovanni è rimasto sconosciuto fino agli inizi del XX secolo. Il suo fortunoso ritrovamento ha costituito una delle scoperte più importanti nel campo dello studio sulle religioni tardoantiche. Nel 1896, lo studioso tedesco Carl Reinhardt acquistò un libro in papiro al mercato d'antichità del Cairo. Sulla provenienza del volume non ottenne informazioni precise, il venditore gli raccontò che era stato rinvenuto nel fondo di un pozzo presso Akhmim. Reinhardt lo consegnò all'egittologo Carl Schmidt, il quale tradusse dal dialetto copto sahidico quattro trattati fino allora sconosciuti: il Vangelo di Maria, l'apocrifo di Giovanni, la Sophia di Gesù Cristo e gli Atti di Pietro. Schmidt si apprestò all'edizione del manoscritto ma il lavoro incontrò vari e malaugurati incidenti, fino alla morte prematura dello stesso studioso nel 1938. Il coptologo Walter C. Till si incaricò di portare avanti il lavoro ma anche stavolta l'impresa fu ostacolata dallo scoppio della seconda guerra mondiale e, in seguito, dalla straordinaria notizia del ritrovamento dei codici di Nag Hammadi.