Während die Crew den Suliban, einer militärischen Gruppe menschenähnlicher Lebensformen, ausgeliefert ist, findet sich Captain Archer nach einer Zeitreise in einer völlig veränderten Zukunftswelt wieder. Unterdessen versucht Phlox Informationen über das Panar-Syndrom zu bekommen, an dem TPol erkrankt ist und das bei Nichtbehandlung tödlich verläuft. Da Infizierte in der vulkanischen Gesellschaft geächtet sind, dürfen die Ärzte von ihrer Erkrankung nichts erfahren. Doch das Unglück geschieht: Die Vulkanier kommen hinter das Geheimnis. Im Finale der zweiten Staffel wird die Erde von der intelligenten Spezies der Xindi mit einer Massenvernichtungswaffe angegriffen, woraufhin Millionen von Menschen sterben, darunter auch die Schwester von Trip. Archer erfährt, dass die Xindi die Erde angreifen, um in Zukunft nicht selbst von den Menschen vernichtet zu werden. Daraufhin versucht er mit ihnen in Dialog zu treten.Episoden:- Die Schockwelle, Teil 2- Carbon Creek- Minenfeld- Todesstation- Eine Nacht Krankenstation- Marodeure- Der Siebente- Der Kommunikator- Eigenarten- Vermisst- Kostbare Fracht- Der Laufsteg- Dawn- Stigma- Waffenstillstand- Die Zukunft- Canamar- Übergang- Das Urteil- Horizont- Böses Blut- Congenitor - Regeneration- Erstflug- Kopfgeld- Die Ausdehnung