Admiral Kirks Sieg über Khan und die Erschaffung des Planeten Genesis sind teuer erkauft: Spock ist tot und McChoy offensichtlich verrückt geworden. Der unerwartete Besuch von Sarek, Spocks Vater, liefert eine überraschende Offenbarung. Spocks Lebensessenz ist in McCoys Körper übergegangen. Um seinen Freunden zu helfen, stiehlt Kirk die U.S.S. ENTERPRISE und missachtet die Sternenflotten Quarantäne für Genesis. Doch die Klingonen haben das Geheimnis von Genesis entdeckt und sind auf dem Weg zu einem tödlichen Rendezvous mit Kirk.