Unterm Wolkenhimmel spielt in der japanischen Meiji-Zeit (1869-1912) und begleitet die drei Kumo Brüder Tenka, Soramaru und Chutaro, die als Fährschiffer Verbrecher zum Gokumonjo-Gefängnis, überführen. Als Teil der Kampfgruppe "Die Wölfe" hat sich Tenka zur Aufgabe gemacht, die örtliche Polizei beim Einfangen entflohener Krimineller zu unterstützen. Seine Brüder wollen ihn, entgegen seiner Anordnung, unterstützen und geraten dabei in große Gefahr. Dabei entdecken sie das Geheimnis der Kumo-Familie, das eng mit der unheilbringenden Riesenschlange Orochi verbunden ist, die alle 300 Jahre neu erwacht. Die OVA Filme Neues Zeitalter, Tödliches Ritual und Geheimes Experiment erzählen weitere Geschichten rund um die Hauptfiguren.