Nous avons cherché à décrire la diversité génétique des populations d'ovins en provenance d'Algérie, du Maroc et de France. A cet effet, 22 microsatellites ont été utilisés pour le génotypage de 392 animaux appartenant à 5 races de moutons marocains, 6 races de moutons algériens et deux races ovines françaises. L'hétérozygotie attendue variait de 0, 520 (race ovine française Mérinos de Rambouillet) à 0, 788 (race ovine algérienne Rembi). La différenciation génétique FST entre les races et son intervalle de confiance à 95% après 1000 bootstraps était de 0, 092 (0, 009 à 0, 029). Seize microsatellites ont montré (p <0, 05) une déviation à l'équilibre de Hardy-Weinberg, dans l'ensemble de la population. Le nombre de marqueurs qui étaient en déséquilibre Hardy-Weinberg (p <0, 05) dans chaque race a varié entre 4, race Taadmit à 12 loci, dans Boujaâd et D'men du Maroc. L'arbre phylogénétique construit sur la base de la distance génétique de Nei a montré trois groupes selon le pays d'origine de chaque race. Le nombre de noeuds de l'arbre était égal au nombre de foyers détectés avec le programme de structure. Mots clefs : race ovine, microsatellites et caractérisation génétique.