Nach jahrhundertelangem Krieg zwischen der Erde und ihren Kolonien ist endlich ein Waffenstillstand in Sicht. Als es auf dem kolonialen Kriegsschiff CFF Nyx zu einem Anschlag auf den Botschafter der Erde kommt, fällt der Verdacht schnell auf den Piloten Lt. Jameson McAllister. Der hochbegabte Mutant wird verdächtigt, mit der Untergrundbewegung der Mutanten zu sympathisieren. Diese will das Waffenstillstandsabkommen verhindern, da es die Auslieferung der Mutanten an die Erde verlangt, wo sie einst als Supersoldaten gezüchtet wurden. Einzig die Chefingenieurin Lt. Cdr. Deirdre MacNiall glaubt nicht an McAllisters Schuld. Doch umso intensiver sie sich bemüht, McAllisters Unschuld zu beweisen, umso klarer wird ihr, dass es Mächte an Bord der Nyx gibt, die dies verhindern wollen.