Der Wunsch vieler Seeleute nach einem Beschützer ist so alt wie die Seefahrt selbst. Er bildet die psychologische Grundlage für die Klabautermann-Sage.
Schon lange Zeit vor dem Klabautermann vertraute man auf übersinnliche Schutzpatrone. Unter den Seefahrern der nördlichen Meere bildeten Götter und christliche Heilige sowie allerlei mystische Vorstellungen den Hintergrund für die neu entstehende Klabautermann-Tradition.

Schon vor drei Jahrtausenden fungierten Götter der Antike als Heilsbringer der Seeleute. In der frühen indoeuropäischen Mythologie waren das die Gotteszwillinge. Vor Beginn des 5. Jahrhunderts vor Christi übernahmen die Römer von den Griechen die Vergötterung der Dioskuren Kastor und Pollux. Diese tauchten in Zeiten der Seenot auf, verließen die Schiffe aber dann wieder.

Später traten christliche Heilige an die Stelle der alten Gottheiten. Im 4. Jahrhundert nach Christi wurde der heilige St. Castor von Koblenz als Beschützer der Männer auf See verehrt. Größere Bedeutung als Vorläufer des Klabautermanns gewann jedoch St. Phokas von Sinope. Dieser vertritt einen älteren, dem nordischen Klabautermann urverwandten Dämon. Daneben war Sankt Nikolaus einer der bekanntesten Schutzpatrone aller rechtschaffenen Seeleute. Zahlreiche Nikolai-Kirchen in Hafenstädten belegen das Wirken dieses Schutzheiligen.
All diese Vorstellungen der Seeleute klangen im Laufe der Jahrhunderte ab, so dass sich die Tradition eines neuen übersinnlichen Beschützers, eben des Klabautermanns, überhaupt erst herausbilden konnte.

In engen Zusammenhang mit ihm werden häufig mehr oder weniger bekannte maritime Gestalten gestellt, die teils in Wirklichkeit existierten, wie Klaus Störtebeker. Der Klabautermann ist das Pendant zum Fliegenden Holländer. Im Unterschied zu ihm hat jedoch auch der ruchlose holländische Kapitän einen realistischen Hintergrund.