L'étude porte sur les analyses morphologiques des Protozoaires Ciliés et sur la variation d'abondance de virus et de bactéries du tube digestif d'annélides oligochètes de la famille des Glossoscolecidae de la région du centre Cameroun. De plus, les paramètres physico-chimiques susceptibles d'influencer la sériation de ces microorganismes le long du tube digestif de leurs hôtes ont été analysés. L'étude morphologique est basée sur les techniques d'imprégnation des spécimens au carbonate d'argent ammoniacal pyridiné et à la coloration au Di Aminido Phenyl Indol. Les prospections effectuées ont permis la description de vingt espèces de Ciliés appartenant aux Hétérotriches, Hysterocinetidés et Astomes. Par ailleurs, la technique de la cytométrie en flux nous a permis de mettre en évidence une population jusqu'alors insoupçonnée de virus dans le tractus digestif des vers terre ainsi qu'une population non moins importante de bactéries.