In der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts beteiligte sich Gerbert von Stotel als frisch ernannter Edelherr an einem päpstlich angeordneten Kreuzzug gegen die Stedinger Bevölkerung und ging als Kriegsgewinner daraus hervor. Er baute sich einen neue, mit einer Steinmauer befestigte Burg in der Lune-Niederung und manifestierte damit sehr eindrucksvoll seine neu erlangten Herrschaftsansprüche.

Es hätte so schön sein können, wäre da nicht der Untergrund: Aufgrund ihres Gewichts versank die Burg, ausgerechnet auf der Seite des repräsentativen Burgturms, zusehends im weichen Boden. Nach wohl nur kurzer Zeit wurde die stattliche Burg aufgegeben und abgetragen und geriet bald in Vergessenheit.
Erst knapp 700 Jahre später wurde die längst vergessene Befestigung wieder ans Licht gebracht. Nachdem 2006 erste Reste der Niederungsburg entdeckt wurden, hat die Archäologische Denkmalpflege des Landkreises Cuxhaven in den Jahren 2013 bis 2015 umfangreiche Untersuchungen an der Burg durchgeführt. Neben Erkenntnissen zur ungewöhnlichen Bauweise der Anlage liefern die Ausgrabungsergebnisse der Stoteler Burg zudem einen guten Einblick in die hoch- und spätmittelalterliche Territorialgeschichte im Elbe-Weser-Dreieck.