Inquisitor Eisenhorn wird von seinen ehemaligen Verbündeten als Abtrünniger des Imperiums gejagt. Er versucht seine Loyalität zu beweisen, indem er einen gefährlichen Verräter an der Inquisition jagt - dem gefürchteten Inquisitor Quixos. Während er immer verzweifelter nach einem erfolgreichen Abschluss der Suche strebt, setzt Eisenhorn immer finsterere Mittel ein. Doch wie weit kann er damit gehen, die Waffen seines Feindes gegen diesen einzusetzen, bis er selbst zu dem wird, was er zur Strecke bringen will?