Es ist Carnevale in Venedig. Eine Gruppe von rund zweihundert Leuten macht sich auf, um auf einer Privatinsel in der Lagune ein rau-schendes Fest zu feiern. Doch dann bricht eine hochansteckende Lungenkrankheit aus. Die Insel wird unter Quarantäne gestellt.
Statt Genuss und Exzess prägen Angst und Tod die Festgesellschaft. Für die junge Liebe von Vincent und Anna ebenso eine Herausforderung wie für die Gemeinschaft, die nach und nach in rivalisierende Gruppen zerfällt. Als der Inselbesitzer beschliesst, seinen verstorbenen Bruder trotz Quarantäne ins Familiengrab auf die Friedhofsinsel San Michele zu bringen, eskaliert der Konflikt. «Die vierzig Tage der Lagune» ist nicht nur eine Liebesgeschichte vor ungewöhnlicher Kulisse, sondern auch ein Manifest für die Freiheit des Individuums, die es unter allen Umständen zu verteidigen gilt.